Cục sở y tế thuộc thành phố New York gửi tiến sĩ Sara Josephine Baker đến để nói chuyện với Mary, nhưng "tại thời điểm ấy cô tin rằng mình bị xử oan vì cô không làm gì sai trái cả."[3] Mấy ngày sau, Baker đến chỗ mà Mary làm cùng với một số cảnh sát để bắt cô về canh giữ. Nhà nghiên cứu sinh học ở thành phố New York City đã điều tra ra là cô là "người mang vật ký sinh thương hàn. Theo hiệu lực của pháp luật phần 1169 và 1170 của hiến chương New York, Mallon bị cách ly cho ba năm tại bệnh vệnh nằm tại đảo North Brother. Cuối cùng, người được ủy quyền quyết định sẽ không cách ly Mallon nếu cô không làm việc nấu nướng nữa để phòng chống bệnh lây nhiễm. Mong muốn lấy lại tự do, cô lập tức đồng ý hiệp ước. Ngày 19 tháng 2 năm 1910, Mallon đồng ý là cô sẽ thay đổi công việc nấu ăn, và sẽ làm giấy chứng nhận là sau khi được thả cô sẽ cẩn thận giao tiếp với bất cứ ai một cách hợp vệ sinh an toàn để nhằm tránh lây nhiễm. Cô được thả từ chỗ cách ly và trở về đất liền.

Sau đó, cô lấy công việc giặt đồ, công việc mà lương bổng ít hơn công việc đầu bếp của cô. Mallon quyết định giấu tên thiệt của mình và đổi tên thành Mary Brown, trở lại với công việc nấu ăn. kết quả trong năm 1915 lây nhiễm 25 người trong khi làm việc tại một bệnh vệnh cho phụ nữ nằm ở New York; một trong những người bị lây nhiễm đã chết. Hội đồng sức khỏe một lần nữa truy tìm và bắt cô Mary Mallon, cô phải trở về tình trạng cách ly trên đảo. Mallon đã ở đây từ đó đến hết đời. Cô trở nên nổi tiếng, và được phỏng vấn bởi các nhà báo, trước đó họ đã được căn dặn dò kỹ để tránh lây nhiễm. Một thời sau, cô được phép làm việc như một nhà chuyên môn trong phòng thí nghiệm trên đảo.